Владимир Хавкин появился на свет 15 марта 1860 года в Одессе. Когда ему исполнилось 11 лет, семейство перебралось жить в Бердянск, где он закончил известную гимназию. Несмотря на сложное материальное положение в семье, Владимир решил поступать в Одесский университет. Уже тогда он чувствовал тягу к естествознанию и под руководством профессора Мечникова, студент стал заниматься биологией простейших микроорганизмов.